最高人民检察院《规则》和《关于人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定（试行）》对人民检察院直接自行侦查的案件作了明确规定，包括以下几种：

1.贪污贿赂犯罪。是指刑法分则第8章规定的贪污贿赂罪和其他章节中明确规定按照贪污贿赂罪的规定定罪处罚的犯罪。具体包括：贪污案、挪用公款案、受贿案、单位受贿案、行贿案、对单位行贿案、介绍贿赂案、单位行贿案、巨额财产来源不明案、隐瞒境外存款案、私分国有资产案、私分罚没财物案。

2.国家工作人员的渎职犯罪。主要是指刑法分则第9章规定的渎职犯罪案件。具体包括：滥用职权案，玩忽职守案，故意泄露国家秘密案，过失泄露国家秘密案，徇私枉法案，民事、行政枉法裁判案，执行判决、裁定失职案，执行判决、裁定滥用职权案，枉法仲裁案，私放在押人员案，失职致使在押人员脱逃案，徇私舞弊减刑、假释、暂予监外执行案，徇私舞弊不移交刑事案件案，滥用管理公司、证券职权案，徇私舞弊不征、少征税款案，徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税案，违法提供出口退税凭证案，国家机关工作人员签订、履行合同失职被骗案，违法发放林木采伐许可证案，环境监管失职案，食品监管渎职案，传染病防治失职案，非法批准征用、占用土地案，非法低价出让国有土地使用权案，放纵走私案，商检徇私舞弊案，商检失职案，动植物检疫徇私舞弊案，动植物检疫失职案，放纵制售伪劣商品犯罪行为案，办理偷越国（边）境人员出入境证件案，放行偷越国（边）境人员案，不解救被拐卖、绑架妇女、儿童案，阻碍解救被拐卖、绑架妇女、儿童案，帮助犯罪分子逃避处罚案，招收公务员、学生徇私舞弊案，失职造成珍贵文物损毁、流失案。

3.国家机关工作人员利用职权实施的侵犯公民人身权利和民主权利的犯罪案件，具体包括：非法拘禁案、非法搜查案、刑讯逼供案、暴力取证案、虐待被监管人案、报复陷害案、破坏选举案。

4.国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。这种由人民检察院直接受理的案件，必须符合下列条件：（1）必须是国家机关工作人员利用职权实施的前三类以外的重大犯罪案件；（2）必须经过省级以上人民检察院决定。具体程序是：基层人民检察院或者分、州、市人民检察院需要直接立案侦查时，应当层报所在的省级人民检察院决定。分、州、市人民检察院对基层人民检察院层报省级人民检察院的案件，应当进行审查，提出是否需要立案侦查的意见，报送省级人民检察院。报请省级人民检察院决定立案侦查的案件，应当制作提请批准直接受理书，写明案件情况以及需要由人民检察院立案侦查的理由，并附有关材料。省级人民检察院应当在收到提请批准直接受理书后的10以内作出是否立案侦查的决定。省级人民检察院可以决定由下级人民检察院直接立案侦查，也可以决定本院直接立案侦查。

根据《规则》第14条规定，上级人民检察院在必要的时候，可以直接侦查或者组织、指挥、参与侦查下级人民检察院管辖的案件，也可以将本院管辖的案件交由下级人民检察院侦查；下级人民检察院认为案情重大、复杂，需要由上级人民检察院侦查的案件，可以请求移送上级人民检察院侦查。上级人民检察院可以指定下级人民检察院立案侦查管辖不明或者需要改变管辖的案件。为了防止地市级人民检察院随意指定下级人民检察院立案侦查本应由其自行立案侦查的案件，《规则》第18条规定，分、州、市人民检察院办理直接立案侦查的案件，需要将属于本院管辖的案件指定下级人民检察院管辖的，应当报请上一级人民检察院批准。